Bronşial hiperreaktivite (Bhr) ve astımda genotip-fenotip ilişkisi
| dc.contributor.advisor | Kocabaç, Can | |
| dc.contributor.advisor | Özgül, R. Köksal | |
| dc.contributor.advisor | Şekerel, E. Bülent | |
| dc.contributor.advisor | Kalaycı, C. Ömer | |
| dc.contributor.author | Karaca, Şefayet | |
| dc.contributor.other | Karaca, Mehmet | |
| dc.contributor.other | Civelek, Ersoy | |
| dc.contributor.other | Şahiner, Murat | |
| dc.date.accessioned | 2019-07-03T11:49:07Z | |
| dc.date.available | 2019-07-03T11:49:07Z | |
| dc.date.issued | 2016 | |
| dc.department | Sağlık Bilimleri Fakültesi | |
| dc.description | *Karaca, Şefayet ( Aksaray, Yazar ) *Karaca, Mehmet ( Aksaray, Yazar ) | |
| dc.description.abstract | Astım ve allerjik hastalıklara yatkınlıklar risk allelleri ve çevresel faktörlerin karmaşık etkileşiminin bir sonucudur. Bu yatkınlıklar poligenik ve kalıtılır özelliklerle ilişkilidir. Bugün, astım ve allerjik hastalıkların patogenezinde önemli olan çok sayıda lokus ve risk alleli bilinmektedir. Bu çalışmada, immun fonksiyonda önemli olan bazı genlerin BHR, allerji ve astım bağlantılı fenotiplerde rolünün belirlenmesi amacıyla, kan analizleri, bronş provakasyon testi, deri testleri ve ISSAC anketi ile elde edilen, solunum sistemi hastalıkları ile ilişkili 116 özellik analiz edilmiştir. İmmun fonksiyonda önemli olan 9 farklı gen (ADAM33, ADRB2, IL13, IL4, IL4R, MS4A2, CD14, SERPINE1 ve TNF) allerji-astım fenotipi ile süreklilik arz eden bağlantıları nedeniyle seçilmiştir. Bu genlere ait 21 polimorfik variant, ISSAC Faz II yöntemi kullanılarak sağlanmış olan 960 katılımcıya ait DNA örneklerinde Kompetatif Allel Spesifik PCR (KASP) tekniği kullanılarak genotiplenmiştir. Veriler, bilinen lokuslarda yeni fenotipik ilişkilerin belirlenmesinde etkin olduğu vurgulanan Phenome-wide association studies (PheWAS) kullanılarak analiz edilmiştir. Bunun yanısıra bakılan genetik özellikler için haplotip grupları belirlenerek populasyon içi ve populasyonlar arası benzerlik ve farklılıklar araştırılmıştır. İmmunogenetik farklılıkların belirlenmesi için 480 sağlıklı bireyde haplotip analizi sonuçları 1000 Genom Projesi Faz 3 kapsamındaki 5 atasal gruptan 26 farklı populasyonla karşılaştırılmıştır. Son olarak Türk ve Avrupa populasyonlarında farklı dağılım sergileyen ve immunogenetik lokuslar üzerine fonksiyonel etkileri olan haplotipler belirlenmiştir. | |
| dc.description.abstract | The predisposition to asthma and other allergic respiratory diseases is related to complex interactions between risk alleles and environmental factors. In particular, the predisposition to allergic respiratory disease is polygenic and high hereditable. Multiple risk alleles have been identified in numerous loci involved in the pathogenesis of asthma and allergic disease. To dissect the role of immunogenes in the BHR, allergy and asthma-related phenotypes, we analyzed 116 traits related to respiratory diseases that were assessed through blood tests, bronchial challenge tests, ISAAC questionnaire evaluation, and skin prick tests. Nine immunogenes (ADAM33, ADRB2, IL13, IL4, IL4R, MS4A2, CD14, SERPINE1, and TNF) were selected for this analysis on the basis of their consistent connection to immune functions and allergy- and asthmarelated phenotypes. DNA samples of 960 subjects, which provided from a crosssectional study conducted using the ISAAC (International Study of Asthma and Allergies in Children) Phase II tools were genotyped for 21 polymorphic variants located in these genetic loci, using Competitive Allele Specific PCR (KASP). We conducted a Phenome-wide association studies (PheWAS), which recently been proven to identify novel phenotypic associations of previously identified risk loci. Besides, haplotype analysis has been performed across 480 healthy Turkish subjects, to determine an intra-population and inter-population variability. For this purpose, data were compared with respect to 26 human populations from five ancestry groups that are available in the 1,000 Genomes Project Phase 3 dataset. Finally, we assessed the haplotypes responsible for the differences between Turkish and European samples, which have potential functional effects on the immunogenetic loci investigated. | |
| dc.identifier.endpage | 49 | en_US |
| dc.identifier.startpage | 1 | en_US |
| dc.identifier.uri | https://hdl.handle.net/20.500.12451/1757 | |
| dc.indekslendigikaynak | TR-Dizin | |
| dc.language.iso | tr | |
| dc.publisher | Tübitak | |
| dc.relation.publicationcategory | Makale - Ulusal Hakemli Dergi - Kurum Öğretim Elemanı | |
| dc.relation.tubitak | info:eu-repo/grantAgreement/TUBITAK/SBAG/213S025 | |
| dc.rights | info:eu-repo/semantics/openAccess | |
| dc.subject | BHR | |
| dc.subject | Astım-Allerji Fenotipleri | |
| dc.subject | Astım Genetiği | |
| dc.subject | PheWAS | |
| dc.subject | Türk Populasyonu | |
| dc.subject | Asthma-Allergy Phenotypes | |
| dc.subject | Asthma Genetics | |
| dc.subject | PheWAS | |
| dc.subject | Turkish Population | |
| dc.title | Bronşial hiperreaktivite (Bhr) ve astımda genotip-fenotip ilişkisi | |
| dc.type | Project |
