Proje Koleksiyonu
Bu koleksiyon için kalıcı URI
Güncel Gönderiler
Öğe Bronşial hiperreaktivite (Bhr) ve astımda genotip-fenotip ilişkisi(Tübitak, 2016) Karaca, Şefayet; Kocabaç, Can; Özgül, R. Köksal; Şekerel, E. Bülent; Kalaycı, C. Ömer; Karaca, Mehmet; Civelek, Ersoy; Şahiner, MuratAstım ve allerjik hastalıklara yatkınlıklar risk allelleri ve çevresel faktörlerin karmaşık etkileşiminin bir sonucudur. Bu yatkınlıklar poligenik ve kalıtılır özelliklerle ilişkilidir. Bugün, astım ve allerjik hastalıkların patogenezinde önemli olan çok sayıda lokus ve risk alleli bilinmektedir. Bu çalışmada, immun fonksiyonda önemli olan bazı genlerin BHR, allerji ve astım bağlantılı fenotiplerde rolünün belirlenmesi amacıyla, kan analizleri, bronş provakasyon testi, deri testleri ve ISSAC anketi ile elde edilen, solunum sistemi hastalıkları ile ilişkili 116 özellik analiz edilmiştir. İmmun fonksiyonda önemli olan 9 farklı gen (ADAM33, ADRB2, IL13, IL4, IL4R, MS4A2, CD14, SERPINE1 ve TNF) allerji-astım fenotipi ile süreklilik arz eden bağlantıları nedeniyle seçilmiştir. Bu genlere ait 21 polimorfik variant, ISSAC Faz II yöntemi kullanılarak sağlanmış olan 960 katılımcıya ait DNA örneklerinde Kompetatif Allel Spesifik PCR (KASP) tekniği kullanılarak genotiplenmiştir. Veriler, bilinen lokuslarda yeni fenotipik ilişkilerin belirlenmesinde etkin olduğu vurgulanan Phenome-wide association studies (PheWAS) kullanılarak analiz edilmiştir. Bunun yanısıra bakılan genetik özellikler için haplotip grupları belirlenerek populasyon içi ve populasyonlar arası benzerlik ve farklılıklar araştırılmıştır. İmmunogenetik farklılıkların belirlenmesi için 480 sağlıklı bireyde haplotip analizi sonuçları 1000 Genom Projesi Faz 3 kapsamındaki 5 atasal gruptan 26 farklı populasyonla karşılaştırılmıştır. Son olarak Türk ve Avrupa populasyonlarında farklı dağılım sergileyen ve immunogenetik lokuslar üzerine fonksiyonel etkileri olan haplotipler belirlenmiştir.Öğe Nutritional habits, lifestyle, and genetic predisposition in cardiovascular and metabolic traits in Turkish population(Elsevier Science Inc, 2016) Karaca, Şefayet; Erge, Sema; Cesuroğlu, Tomris; Polimanti, RenatoObjectives: Cardiovascular and metabolic traits (CMT) are influenced by complex interactive processes including diet, lifestyle, and genetic predisposition. The present study investigated the interactions of these risk factors in relation to CMTs in the Turkish population. Methods: We applied bootstrap agglomerative hierarchical clustering and Bayesian network learning algorithms to identify the causative relationships among genes involved in different biological mechanisms (i.e., lipid metabolism, hormone metabolism, cellular detoxification, aging, and energy metabolism), lifestyle (i.e., physical activity, smoking behavior, and metropolitan residency), anthropometric traits (i.e., body mass index, body fat ratio, and waist-to-hip ratio), and dietary habits (i.e., daily intakes of macro- and micronutrients) in relation to CMTs (i.e., health conditions and blood parameters). Results: We identified significant correlations between dietary habits (soybean and vitamin B12 intakes) and different cardiometabolic diseases that were confirmed by the Bayesian network learning algorithm. Genetic factors contributed to these disease risks also through the pleiotropy of some genetic variants (i.e., F5 rs6025 and MTR rs180508). However, we also observed that certain genetic associations are indirect since they are due to the causative relationships among the CMTs (e.g., APOC3 rs5128 is associated with low-density lipoproteins cholesterol and, by extension, total cholesterol). Conclusions: Our study applied a novel approach to integrate various sources of information and dissect the complex interactive processes related to CMTs. Our data indicated that complex causative networks are present: causative relationships exist among CMTs and are affected by genetic factors (with pleiotropic and non-pleiotropic effects) and dietary habits. (C) 2016 Elsevier Inc. All rights reserved.
