Akdeniz havzası'ndaki trionyx triunguis (Testudiniata: trionychidae) popülasyonlarından polimorfik mikrosatellit lokuslarının izolasyonu, karakterizasyonu ve bu lokuslar ile MtDNA kullanarak popülasyonların genetik yapısının belirlenmesi
Yükleniyor...
Dosyalar
Tarih
2014
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
TÜBİTAK
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Trionyx triunguis (Nil yumuşak kabuklu Kaplumbağası) Akdeniz populasyonları nesli kritik olarak tehlike altında bulunan bir türdür. Bu türün popülasyon genetiği ve dağılışının belirlenmesi üzerine Dünya’da yapılmış çok az çalışma vardır. Bu çalışma 2 aşamada gerçekleştirilmiştir: 1. aşamada, ülkemizde ilk defa türe özgü mikrosatellit belirteçlerinin belirlenmesi gerçekleştirilmiştir. 2. aşamada ise, bu mikrosatellit belirteçleri ile mtDNA Dloop gen bölgesi kullanılarak T. triunguis türünün Akdeniz Havzası’ndaki popülasyon yapısı belirlenmiştir. T. riunguis’e ait 10 bireyden 13 polimorfik mikrosatellit lokusu geliştirilmiş ve bu mikrosatellit lokuslarının tümü biotinli (GT)10, (CT)10, (GATA)5 tekrar dizileri kullanılarak belirlenmiştir. Popülasyonlarda gözlenen heterozigotluk değeri 0.191 ortalaması ile 0.000- 0.758 arasında değişirken beklenen heterozigotluk değeri 0.428 ortalaması ile 0.123-0.742 arasında değiştiği saptanmıştır. Belirlenen TTMED-2, TTMED-5, TTMED-6, TTMED-7, TTMED-8, TTMED-9, TTMED-11 ve TTMED-13 lokuslarının Hardy-Weinberg dengesinden önemli derecede sapma gösterdiği tespit edilmiştir. Ülkemizde yayılış gösteren bir sürüngen türüne ilk defa uygulanan yöntem ile türe özgü mikrosatellit lokusları başarıyla elde edilmiştir. Bu çalışmanın Türkiye’de yaşayan canlı türlerinin mikrosatellit lokuslarının belirlenmesi için yapılacak pek çok çalışmanın ilki olacaktır. Ayrıca belirlenen polimorfik lokuslar ve mtDNA Dloop gen bölgesi kullanılarak Türkiye’nin Akdeniz sahillerindeki 5 popülasyondan toplanan toplam 132 birey üzerinde türün popülasyon yapısı belirlenmiştir. T. triunguis mtDNA ve mikrosatellit lokus verilerine göre Dalyan ve Dalaman popülasyonları arasında genetik çeşitlilik kaybını en aza indirgeyecek miktarda bir gen akışı söz konusudur. Bununla birlikte diğer popülasyonlar arasındaki gen akışının az olması bu popülasyonların diğerlerinden iyice izole olduğu, kendine özgü bir genetik yapının oluşturmaya başladığının bir göstergesidir. Ayrıca, beş popülasyon arasında önemli derecede farklılık tespit edilmiştir. Bu farklılıklar neticesinde, popülasyonlar birbirlerinden bağımsız “Evrimsel önemli birimler (ESU)” şeklinde değerlendirilmeli ve her birim için ayrı koruma planlamaları yapılmalıdır.
Trionyx triunguis (Nile soft-shelled turtle) is a critically endangered species in the Mediterranean subpopulation. There are very few studies for determination of distribution and population genetics of this species in the world. This work has been done in two steps. In first step microsatellit locus were determine for the first time. In second step population structure of T. triunguis at Mediterranean cost were determined using newly determined microsatellits locus and mtDNA D-loop gene. Thirteen novel polymorphic microsatellite loci were isolated from 10 samples of T. triunguis. A total of 13 polymorphic microsatellite loci was isolated from T. triunguis by using biotinylated (GT)10, (CT)10, (GATA)5-enriched library. The range of observed heterozygosities was 0.000-0.833 with a mean of 0.200, and the range of expected heterozygosities was 0.177-0.756 with a mean of 0.459. The results of our study showed that TTMED-2, TTMED-5, TTMED-6, TTMED-7, TTMED-8, TTMED-9, TTMED-11, and TTMED-13 loci deviated significantly from Hardy-Weinberg. This is the first study in which microsatellites locus were determined for reptiles in Turkey. We believe that this will be the first of many other studies to determine microsatellit loci for other living organisms in Turkey. In this study a total of 132 samples taken from 5 populations on Mediterranean cost of Turkey were studied for their population structure of the species using polymorphic microsatellite loci and mtDNA D-loop gene analysis. Results showed presence of gene flow between Dalyan and Dalaman populations which avoids total decrease of genetic variations. However the smaller amount of gene flow between other populations than Dalyan and Dalaman may indicate isolation of these populations from each others and each of them begin to built up their own genetic structure. In addition the present study showed presence of important differences among these 5 populations. These differences indicate the necessity to consider each population as “Evolutionary Significant Unit” and a special protective plan should be developed for each population.
Trionyx triunguis (Nile soft-shelled turtle) is a critically endangered species in the Mediterranean subpopulation. There are very few studies for determination of distribution and population genetics of this species in the world. This work has been done in two steps. In first step microsatellit locus were determine for the first time. In second step population structure of T. triunguis at Mediterranean cost were determined using newly determined microsatellits locus and mtDNA D-loop gene. Thirteen novel polymorphic microsatellite loci were isolated from 10 samples of T. triunguis. A total of 13 polymorphic microsatellite loci was isolated from T. triunguis by using biotinylated (GT)10, (CT)10, (GATA)5-enriched library. The range of observed heterozygosities was 0.000-0.833 with a mean of 0.200, and the range of expected heterozygosities was 0.177-0.756 with a mean of 0.459. The results of our study showed that TTMED-2, TTMED-5, TTMED-6, TTMED-7, TTMED-8, TTMED-9, TTMED-11, and TTMED-13 loci deviated significantly from Hardy-Weinberg. This is the first study in which microsatellites locus were determined for reptiles in Turkey. We believe that this will be the first of many other studies to determine microsatellit loci for other living organisms in Turkey. In this study a total of 132 samples taken from 5 populations on Mediterranean cost of Turkey were studied for their population structure of the species using polymorphic microsatellite loci and mtDNA D-loop gene analysis. Results showed presence of gene flow between Dalyan and Dalaman populations which avoids total decrease of genetic variations. However the smaller amount of gene flow between other populations than Dalyan and Dalaman may indicate isolation of these populations from each others and each of them begin to built up their own genetic structure. In addition the present study showed presence of important differences among these 5 populations. These differences indicate the necessity to consider each population as “Evolutionary Significant Unit” and a special protective plan should be developed for each population.
Açıklama
Güçlü, Özgür ( Aksaray, Yazar )
Anahtar Kelimeler
Trionyx Triunguis, Nil Yumuşak Kabuklu Kaplumbağası, Mikrosatellit, Polimorfizm, mtDNA, Nile Soft Shelled Turtle, Microsatellites, Polymorphism, mtDNA
