Proje Koleksiyonu
Bu koleksiyon için kalıcı URI
Güncel Gönderiler
Öğe Eksfoliatif toksin genlerinin klonlanması ve toksin ekstraktının psoriasis oluşturulmuş farelerdeki etkisinin araştırılması(TÜBİTAK SBAG Proje, 2017) Bozdoğan, Bülent; Güney Kaya, Kübra; Dabanoğlu, ilknur; Aynur, Erdem; Avcı, Hamdi; Aynur, ErdemPsoriasis ülkeden ülkeye oranlar değişmekle birlikte görülme sıklığı %1-11 arasında değişen kronik bir hastalıktır. Dünyada yaklaşık 125 milyon insanın bu hastalıktan etkilendiği düşünülmektedir. Deri bulguları özellikle epidermis kalınlaşması ve keratinizasyon yalnızca fiziki değil psişik ve sosyal sorunlar da oluşturabilmektedir. Eksfoliatif toksin özellikle Staphylococcus bakterileri tarafından sentezlenen ve desmoglein üzerine etkili bir proteazdır. Desmoglein epidermal hücreleri birbirlerine bağlar ve yıkımlarıyla epidermal tabakada kopukluklar oluşur. Bu çalışmanın amacı Staphylococcus suşları tarafından sentezlenen eksfoliatif toksin A ve eksfoliatif toksin D’nin rekombinant olarak sentezlenmesi ve psoriasis oluşturulmuş farelerdeki etkisinin gözlenmesiydi. Materyal ve Metod. Kolleksiyonumuzdaki 415 MRSA suşunda eta, etb ve etd genlerinin varlığı PCR ile araştırılmış ve eta ve etd pozitif suşlar gen klonlanması için kullanılmıştır. PCR ile histidin kuyruğu ve restriksiyon enzim yeri eklenen primerler kullanılarak çoğaltılan genler pUC19 plazmidine klonlanmış ve E. coli DH10B suşuna aktarılmıştır. Rekombinant toksin proteinleri NiNTA kolonlarıyla saflaştırılmış ve %2 ve %5’lik dozlarda aldara uygulanarak psoriasis geliştirilmiş farelere uygulanmıştır. Bulgular. Aldara (imikimod) uygulanarak psoriasis geliştirilen farelerde keratinizasyon ve epiderm kalınlaşması görülmüş, eksfoliatif toksin uygulamasıyla keratinizasyon ve kalınlaşmada patolojik analizlerde azalma gözlenmiştir. Lezyonlardaki iyileşmenin %5 toksin dozu uygulanan farelerde daha belirgin olduğu saptanmıştır. Sonuç. Proje hipotezinde öngörülen psoriatik lezyonlarda epidermal tabaka ayrılması uygulanan doz ve yöntemle elde edilememiş ancak keratinizasyon ve epidermal tabaka kalınlaşmasında azalma gözlenmiştir. Eksfoliatif toksinin psoriasis olgularında kullanılabilirliğinin ileri saflaştırma, yüksek doz uygulamaları ve uzun süreli tedavi ile derinlemesine araştırılması uygulama potansiyelinin değerlendirilebilmesi için fayda sağlayabilir.Öğe Anatololacerta kompleksinin (Reptilia: Sauria: Lacertidae) morfolojik ve moleküler yöntemler uygulanarak taksonomisinin yeniden yapılandırılması ve dağılış haritasının belirlenmesi(TÜBİTAK, 2015) Ilgaz, Çetin; Durmuş, Salih Hakan; Kumlutaş, Yusuf; Güçlü, Özgür; Kankılıç, TolgaAnatololacerta cinsine ait kertenkeleler parapatrik yayılış gösteren, kuzeybatı, batı ve güney Anadolu ile birlikte Samos, Ikaria, Rodos ve bazı küçük Yunan adacıklarını içeren dar bir coğrafyada bulunan 3 tür ile temsil edilmektedir. 2007 yılında Lacerta cinsinden ayrılarak Anatololacerta adı altında yeni bir cins şeklinde ele alınan söz konusu grubun, diğer lacertid türleriyle olan ilişkisi günümüze kadar tam olarak ortaya konamadığı gibi, morfolojiye dayalı çalışmalarda grubun kompleks yapısına işaret etmiştir. Mevcut proje kapsamında cinsin ülkemizde yayılış gösterdiği tüm dağılış sahasından elde edilen kertenkele örnekleri moleküler ve morfolojik değerlendirmeler ışığında ele alınmıştır. Gruba ait kertenkele örneklerine yönelik gerçekleştirilen moleküler düzeyde çalışmalarda mtDNA’nın cyt b ve 16S rRNA gen bölgelerinin yanında nükleer DNA’ya ait Cmos ve Rag-1 gen bölgelerinin DNA dizi analizlerinden, farklı populasyonların taksonomik statüleri ve taksonlar arasındaki akrabalık ilişkisi ortaya çıkartılmıştır. Proje kapsamında yapılan morfolojik değerlendirmelerde cinse dahil elde edilen kertenkele örnekleri, pholidosis karakterleri, vücut ölçüm ve oran değerleri ile renk-desen özellikleri açısından ele alınmış ve adı geçen özellikler açısından elde edilen değerler uygun istatistik analizlerle gruplar göz önünde bulundurularak karşılaştırılmıştır. Proje çerçevesinde yürütülen moleküler analizler, ülkemizde yayılış gösteren Anatololacerta cinsi kertenkelelerin altı farklı gruba ayrıldığına işaret etmekte ve morfolojik değerlendirmeler de söz konusu ayrımı desteklemektedir.Öğe Akdeniz havzası'ndaki trionyx triunguis (Testudiniata: trionychidae) popülasyonlarından polimorfik mikrosatellit lokuslarının izolasyonu, karakterizasyonu ve bu lokuslar ile MtDNA kullanarak popülasyonların genetik yapısının belirlenmesi(TÜBİTAK, 2014) Güçlü, Özgür; Bozdoğan, Bülent; Yerli, Sedat; Türkyılmaz, Süheyla; Durmuş, Salih HakanTrionyx triunguis (Nil yumuşak kabuklu Kaplumbağası) Akdeniz populasyonları nesli kritik olarak tehlike altında bulunan bir türdür. Bu türün popülasyon genetiği ve dağılışının belirlenmesi üzerine Dünya’da yapılmış çok az çalışma vardır. Bu çalışma 2 aşamada gerçekleştirilmiştir: 1. aşamada, ülkemizde ilk defa türe özgü mikrosatellit belirteçlerinin belirlenmesi gerçekleştirilmiştir. 2. aşamada ise, bu mikrosatellit belirteçleri ile mtDNA Dloop gen bölgesi kullanılarak T. triunguis türünün Akdeniz Havzası’ndaki popülasyon yapısı belirlenmiştir. T. riunguis’e ait 10 bireyden 13 polimorfik mikrosatellit lokusu geliştirilmiş ve bu mikrosatellit lokuslarının tümü biotinli (GT)10, (CT)10, (GATA)5 tekrar dizileri kullanılarak belirlenmiştir. Popülasyonlarda gözlenen heterozigotluk değeri 0.191 ortalaması ile 0.000- 0.758 arasında değişirken beklenen heterozigotluk değeri 0.428 ortalaması ile 0.123-0.742 arasında değiştiği saptanmıştır. Belirlenen TTMED-2, TTMED-5, TTMED-6, TTMED-7, TTMED-8, TTMED-9, TTMED-11 ve TTMED-13 lokuslarının Hardy-Weinberg dengesinden önemli derecede sapma gösterdiği tespit edilmiştir. Ülkemizde yayılış gösteren bir sürüngen türüne ilk defa uygulanan yöntem ile türe özgü mikrosatellit lokusları başarıyla elde edilmiştir. Bu çalışmanın Türkiye’de yaşayan canlı türlerinin mikrosatellit lokuslarının belirlenmesi için yapılacak pek çok çalışmanın ilki olacaktır. Ayrıca belirlenen polimorfik lokuslar ve mtDNA Dloop gen bölgesi kullanılarak Türkiye’nin Akdeniz sahillerindeki 5 popülasyondan toplanan toplam 132 birey üzerinde türün popülasyon yapısı belirlenmiştir. T. triunguis mtDNA ve mikrosatellit lokus verilerine göre Dalyan ve Dalaman popülasyonları arasında genetik çeşitlilik kaybını en aza indirgeyecek miktarda bir gen akışı söz konusudur. Bununla birlikte diğer popülasyonlar arasındaki gen akışının az olması bu popülasyonların diğerlerinden iyice izole olduğu, kendine özgü bir genetik yapının oluşturmaya başladığının bir göstergesidir. Ayrıca, beş popülasyon arasında önemli derecede farklılık tespit edilmiştir. Bu farklılıklar neticesinde, popülasyonlar birbirlerinden bağımsız “Evrimsel önemli birimler (ESU)” şeklinde değerlendirilmeli ve her birim için ayrı koruma planlamaları yapılmalıdır.
