Eroğlu, FadimeOrdu, Melike2023-09-262023-09-2620230374-9096https:/dx.doi.org/10.5578/mb.20239920https://hdl.handle.net/20.500.12451/10959Echinococcus granulosus sensu strico’nun neden olduğu kistik ekinokokkoz (KE) hastalığı, tarımın ön planda olması, sosyo-ekonomik durumun düşük olması ve hijyenik şartlarda olmayan hayvan kesimleri nedeniyle Türkiye’de çok sık görülen hastalıklardan biri olmasına rağmen ülkede ihmal edilmektedir. Has- talığın morbiditesi, mortalitesi ve tedavisinde yaşanan zorluklar göz önüne alındığında bu hastalıkla ilgili daha fazla çalışmalar yapılmasına ve önlemler alınmasına ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışmada İç Anadolu bölgesindeki KE hastalarından izole edilen Echinococcus izolatlarını genotiplendirmek amaçlanmıştır. KE tanısı almış 60 hastadan alınan doku örneklerinden DNA izolasyonu QIAamp DNA FFPE doku (Qiagen, Hilden, Almanya) kiti kullanılarak yapılmıştır. Genotiplendirme için Echinococcus parazitinin cytochrome c oxidase subunit gen bölgesi hedef alınmış, JB3 ve JB4.5 primerleri kullanılmıştır. Polimeraz zincir reaksiyo- nu [polymerase chain reaction (PCR)] ürünleri QIAquick PCR pürifikasyon kitinin (Qiagen, Hilden, Alman- ya) kullanma talimatlarına göre saflaştırılmıştır. PCR ürünleri ABI Prism BigDye Terminator V3.1 Cycle se- quencing kiti (ThermoFisher Scientific, Litvanya) kullanılarak hazırlanmış ve örneklerdeki nükleotit dizileri ABI 3100 (Applied Biosystems, Birleşik Devletler) dizi analizi cihazı ile değerlendirilmiştir. Çalışmada elde edilen nükleotit dizileri, MetaPIGA2, MRBAYES v.3.1.2, “phyogenetic analysis using parsimony (PAUP v.4.0b10)”, Unigen programları, maksimum likelihood (ML), Bayesian (BI) ve parsimoni (P) yöntemleri kullanılarak filogenetik analiz yapılmıştır. Echinococcus izolatlarının %88.4 (53/60)’ünün E.granulosus s.s. olduğu bunların ise %41.7 (25/60)’sinin genotip 1, %30 (18/60)’unun genotip 3, %16.7 (10/60)’si- nin ise genotip 2 genotipinde olduğu saptanmıştır. Çalışmadaki diğer Echinococcus izolatlarının %6.6 (4/60)’sının E.equinus ve %5.5 (3/60)’inin E.ortleppi olduğu tespit edilmiştir. E.equinus ve E.ortleppi’nin atipik yerleşimli kistlerden ve kırsal bölgelerde yaşayan insanlardan izole edildiği görülmüştür. Kentsel böl- gelerde yaşayan KE hastalarında E.equinus ve E.ortleppi türlerine rastlanmamıştır. İç Anadolu bölgesinde köpek ve büyükbaş hayvancılık yetiştiriciliğine bağlı olarak KE olguları yaygın olup hastalık etkeni Echino- coccus türleri çeşitlilik göstermektedir. Echinococcus türlerinin genotiplendirilmesi KE tedavisi ve kontrol stratejilerinin gelişmelerinde etkilidir. Bu çalışmanın sonuçları son yıllarda dünyada ve Türkiye’de “tek sağlık” anlayışının temelini oluşturan KE mücadelesinde etkin rol oynabilir.Cystic Echinococcosis (CE) caused by Echinococcus granulosus sensu strico is neglected in Türkiye de- spite being one of the common diseases due to agriculture being at the forefront, low socioeconomic status and unhygienic animal slaughter. Considering the morbidity, mortality, and difficulties in treatment, more studies and precautions are needed regarding this disease. In this study, it was aimed to genotype Echinococcus isolated from CE patients in the Central Anatolia region. DNA isolation from tissue samples taken from 60 CE patients was performed using the QIAamp DNA FFPE tissue kit. Cytochrome c oxidase subunit gene region of Echinococcus was targeted and JB3/JB4.5 primers were used for genotyping. Poly- merase chain reaction (PCR) products were purified according to the instructions for use of the QIAquick PCR purification kit. PCR products were prepared using the ABI Prism BigDye Terminator V3.1 Cycle sequencing kit and the nucleotide sequences in the samples were evaluated with the ABI 3100 sequenc- ing device. The nucleotide sequences obtained in the study were analyzed using MetaPIGA2, MRBAYES v.3.1.2, phyogenetic analysis using parsimony, Unigen programs, maximum likelihood, Bayesian and par- simony methods. It has been found that 88.4% (53/60) of Echinococcus isolates were E.granulosus s.s. in this study. It has been genotyped as 41.7% (25/60) G1, 30.0% (18/60) G3 and 16.7% (10/60) G2 geno- type. It has been determined that 6.6% (4/60) of the other Echinococcus isolates were E.equinus and 5.5% (3/60) were E.ortleppi. It was observed that E.equinus and E.ortleppi were isolated from atypically located cysts and from those living in rural areas. The E.equinus and E.ortleppi species were not found in CE patients living in urban areas. CE cases are common in the Central Anatolia region due to dog and cattle breeding, and the disease agent Echinococcus species vary. Genotyping of Echinococcus species is effective in the de- velopment of CE treatment and control strategies. Study results can play an active role in the fight against CE, which has formed the basis of the “one health” approach in the world and in Türkiye in recent years.trinfo:eu-repo/semantics/closedAccessEchinococcus GranulosusKistik Ekinokokkoz (KE)Article57226427310.5578/mb.2023992037067210Q3WOS:000981643900007Q4